Den obligatoriska övervakningen av belastningskällor inom samma avrinningsområde genomförs som en samkontroll, som består av övervakning av belastning-, vattenkvalitet och fiske. Samkontrollen i avrinningsområdet för Perho å och Kelviå å har genomförts sedan 1981. Samkontrollen omfattar fyra reningsverk för hushållsavloppsvatten, två reningsverk för läderfabriker, ett reningsverk för en foderfabrik, två gruvor och anrikningsanläggningar samt torvutvinningsområden. Övervakningen genomfördes av Eurofins Ahma Oy, rapporteringen av kiselalger sköttes av Ecomonitor Oy och samordningen sköttes av Österbottens vatten och miljö rf.
År 2025 togs vattenprover vid sammanlagt 18 mätpunkter fyra gånger under året: en gång i mars, juni, augusti och oktober. År 2025 var ett så kallat mellanår, då en mer begränsad kartläggning av vattenkvaliteten genomfördes i samband med kartläggningen av ytvegetationen, samt undersökning av kiselalger. Mellanåret återkommer vart femte år. Från reningsverken togs prover 4–9 gånger per år, beroende på belastningskällan.
Vattenbelastningen från de reningsverk som ingick i övervakningen i Perho å uppgick till 0,07 ton fosfor, 17,5 ton totalt kväve och 2,1 ton organiskt ämne, mätt som BOD7. Belastningen hade minskat i alla avseenden jämfört med år 2024. Det totala ämnesflödet i Perho å uppgick år 2025 till 35 ton fosfor och 645 ton kväve, vilket var mindre än år 2024. Den största delen av näringsutsläppen i avrinningsområdet härrör från diffus belastning från jord- och skogsbruk.
Under den tredje planeringsperioden för vattenförvaltningen uppnådde inget av de vatten som ingår i samkontrollen av åarna Perho å och Kelviå å tillståndsklassen hög. Det ekologiska tillståndet för Pahkajoki, Kivioja, Ullavanjoki, Pajuoja, Korpijärven och Penninkijoki var bra. Patananjärvi, Perho ås övre del, Tastulanoja, Köyhäjoki, Ullavanjärvi, Emmes-Storträsket, Jängänjärvi, Halsuanjärvi, Halsuanjoki och Perho ås mellersta del klassificerades som måttlig. Korpilahdenoja, Myllyoja, Patananjoki ås övre del, Haapajärvi, Kainobäcken och Perho ås nedre del klassificerades som otillfredsställande, medan Vähäjoki, Kelviå å, Såkabäcken och Hömossadiket klassificerades som dåliga.
Kiselalgsprover togs från Perho å, Ullavanjoki och Korpilahdenoja. Kiselalgsfloran indikerade ett otillfredsställande/måttligt ekologiskt tillstånd i Perho ås övre del, medan vid mätstationerna i Kaustby och Nedervetil indikerade kiselalgsfloran högst ett gott ekologiskt tillstånd. I Ullavanjoki pekade sammansättningen på den lägsta gränsen för högt tillstånd, medan sammansättningen i Korpilahdenoja visade på ett måttligt och otillfredsställande ekologiskt tillstånd, bland annat på grund av surhetsgraden.
