Sedan 1978 har de förorenande aktörerna i Kyro älvens avrinningsområde genomfört obligatorisk övervakning i form av samkontroll. Samkontrollen omfattar övervakning av belastning, vattendrag och fiskeri, och man följer upp avloppsvattnets kvalitet, mängd samt effekter på fisket, fiskbeståndet och vattendragen i allmänhet. År 2025 genomfördes även övervakning av bottenfaunan, som genomförs vart femte år, som en del av den biologiska övervakningen.
Övervakningen för år 2025 omfattar åtta kommunala avloppsreningsverk i avrinningsområdet, kraftverket i Seinäjoki samt två torvutvinningsområden. Seilab Oy ansvarade för provtagning och analys av samkontrollen, ARFY Finland Oy för belastningsberäkningar och rapportering och Österbottens vatten och miljö rf för samordning.
År 2025 fanns det totalt 26 provtagningsplatser och prover samlades in både uppströms och nedströms om föroreningskällorna. Proverna samlades huvudsakligen in fyra gånger om året, i mars, juni, augusti och oktober. Fem av provtagningsplatserna ligger i sjöar (Kyrkösjärvis konstgjorda sjö, Jalasjärvi), fyra i havsvikar (Replotfjärden, Korshamnsfjärden-Storfjärden, Kyro älvens mynning) och de resterande 17 i älvar.
Det årliga totala näringsflödet i Kyro älv uppgick till 117 ton fosfor och 3 109 ton kväve. Största delen av flodens näringsbelastning kommer från diffusa belastningar från jord- och skogsbruket. Enligt en uppskattning med Vemala-modellen kommer cirka 61 % av fosforbelastningen och 57 % av kvävebelastningen från jordbruket. Reningsverkens sammanlagda fosforbelastning på årsbasis utgjorde 3,7 % och kvävebelastningen 7,4 % av den totala näringsbelastningen i Kyro älv. Kyro älvens avloppsreningsverks belastning på vattendragen uppgick år 2025 sammanlagt till cirka 4 ton fosfor och cirka 231 ton kväve. Belastningen på reningsverken ökade fram till 2000-talet och har därefter varit relativt stabil. Reningsverkens näringsbelastning är som störst vid de lägsta flödena, men vid övervakningen visade sig belastningen vid vissa reningsverk vara betydande även vid medelhöga flöden. Näringsbelastningen från reningsverken är högst under de lägsta flödena, men vid uppföljning var belastningen vid vissa reningsverk också betydande under de mellersta flödena.
De vattendrag som ingick i övervakningen var mörka och humusrika, med näringsnivåer som varierade från näringsrika till mycket näringsrika. pH-värdet varierade mest i Kyro älvens nedre del och i Vassor-viken, och det lägsta pH-värdet (5,5) uppmättes i Vassor-viken i mars. År 2024 var pH-värdet som lägst 6,3. I Kyro älvens mellersta och nedre del finns sura sulfatjordar, vilket kan leda till att pH-värdet sjunker till mycket låga nivåer i älvens nedre del. Särskilt kraftiga regn och översvämningar kan sänka pH-värdet på sura sulfatjordar.
När det gäller den ekologiska klassificeringen uppnådde endast den övre delen av älven Seinäjoki (källområdet) kategorin god. Replotfjärden, Korshamnsfjärden-Storfjärden, Kyro älvs nedre del och Kyrkösjärvis konstgjorda sjö var måttliga, medan Kyro älvs mynning, dess nedre, mellersta och övre del samt Seinäjoki och Jalasjoki var otillfredställande. I alla vattendrag var det kemiska tillståndet sämre än gott. Enligt undersökningarna av bottenfaunan har dock det ekologiska tillståndet för bottenfaunan i Nummijoki förbättrats jämfört med övervakningen 2019.
