Det finns fyra fonder för enskilda älvdalar inom Österbottens vatten och miljö rf; fonden för Esse å, fonden för Kyro älv, fonden för Lappo å och fonden för Perho å. Fonderna har grundats för att främja, förverkliga och delfinansiera projekt som är i enlighet med ådelegationens målsättningar. Fonderna har varsin egen ledningsgrupp som består av representanter från respektive fonds medlemskår samt sakkunniga från Österbottens vatten och miljö rf och NTM-centralen. Ledningsgrupperna tar beslut om användingen av fondernas medel. Bidragsansökningar till fonderna kan inlämnas året om. Ansökningarna skall vara skriftliga och väl motiverade. De projekt som finansieras via fonderna skall gynna en betydande del av vattendragets område. De kan även vara modellprojekt vars resultat kan användas i andra liknande sammanhang. De projekt som får understöd är vanligen samarbetsprojekt och fondernas andel av finansieringen är en del av totalkostnaderna.