Lapuanjoen vesistöalueen kuormittajien velvoitetarkkailut toteutetaan yhteistarkkailuna. Tarkkailussa seurataan jätevesien määrää ja laatua (kuormitustarkkailu), niiden vaikutuksia vesistöihin (vesistötarkkailu) sekä kalastoon ja kalatalouteen (kalataloustarkkailu). Yhteistarkkailua Lapuanjoen vesistöalueella on tehty vuosittain vuodesta 1979 alkaen, kalataloustarkkailua vuodesta 1990 lähtien. Kalataloustarkkailu toteutetaan sähkökoekalastuksen osalta kolmen vuoden välein ja muuten viiden vuoden välein. Vuoden 2025 yhteistarkkailuun kuului yhteensä viisi jätevedenpuhdistamoa Alavudelta, Alajärveltä, Lapualta ja Kauhavalta, 12 turvetuottajaa, yksi voimalaitos ja perunatärkkelystuotantolaitos. Yhteistarkkailun näytteenotoista ja näiden analysoinnista vastasi Seilab Oy, kuormituslaskennasta ja raportoinnista AFRY Finland Oy, kalataloustarkkailusta Eurofins Ahma Oy ja tarkkailun koordinoinnista Pohjanmaan vesi ja ympäristö ry.
Jätevedenpuhdistamot käsittelivät vuoden 2025 aikana jätevettä yhteensä n. 13 500 m3/päivä, mikä oli n. 4 % vähemmän kuin vuonna 2024. Puhdistamoille tulevan BOD7:n, fosforin ja typen määrät kasvoivat n. 2–7 % vuodesta 2024. BOD7 tarkoittaa seitsemän vuorokauden jälkeen mitattua biologista hapenkulutusta. Vuonna 2025 puhdistamoilta lähtevä vesistökuormitus oli BOD7 osalta n. 21 tonnia, kokonaisfosforin 876 kg ja kokonaistypen n. 118 tonnia. Vesistökuormitus pienentyi vuoteen 2024 verrattuna 2–37 %. Kaikilla puhdistamoilla saavutettiin puhdistusvaatimukset (valioneuvoston asetus 888/2006).
Kuormitustarkkailussa seurattiin myös pidemmän aikavälin muutoksia jaksolla 2015–2025. Alavuden kaupungin jätevedenpuhdistamolle tuleva kuormitus on laskenut viimeisen kymmenen vuoden aikana, kuten myös lähtevä vesistökuormitus typpeä lukuun ottamatta. Alajärven kaupungin (Lehtimäen) jätevedenpuhdistamon tulokuormassa on havaittavissa lievää kasvua, mutta vesistökuormitus on laskenut BOD7:n osalta. Vesistöön päätyvässä kokonaisfosforissa ja kiintoainekuormituksessa ei kuitenkaan ollut havaittavissa selvää kehityssuuntaa.
Lapuan jätevedenpuhdistuslaitokselle tuleva kuormitus on kokonaisfosforia lukuun ottamatta hieman laskenut vuosina 2015–2025. Myös vesistökuormituksessa on havaittavissa laskua kiintoainemäärissä. Kauhavan puhdistamolla tulokuormitus on kasvanut kaikilta osin. Vesistökuormitus on kasvanut BOD7-ja fosforikuormituksen osalta, mutta laskenut kiintoaineen, kokonaistypen ja ammoniumtypen osalta. Härmäin jätevedenpuhdistamon tulokuormitus väheni kaikilta osin, kun taas vesistökuormitus on kasvanut ammoniumtyppeä lukuun ottamatta.
Lapuanjoen kokonaisainevirtaama oli 76 tonnia fosforia ja 2082 tonnia typpeä vuonna 2025. Tästä jätevedenpuhdistamojen osuus oli fosforin osalta n. 1,1 % ja typen 5,7 %. Suurin osa kuormituksesta on peräisin maa- ja metsätalouden hajakuormituksesta.
Lapuanjoen vesistötarkkailuun osallistui jätevedenpuhdistamojen lisäksi Lapuan Peruna Oy ja Mantelan Turve Ky. Vuoden 2025 vesistötarkkailussa näytteenottopisteitä oli yhteensä 24. Vesinäytteet otettiin 2–4 kertaa vuoden aikana seuraavasti: jokipisteistä maalis-, kesä-, elo- ja lokakuussa, Kätkänjärvestä maalis- ja elokuussa ja Kuortaneenjärvestä kolmesti juhannuksen ja elokuun puolivälin välisenä aikana. Vuosi 2025 oli edellisiin vuosiin verrattuna sääolosuhteiltaan hieman poikkeuksellinen, sillä runsaat ja lyhytaikaiset sateet aiheuttivat tulvia myös tavallisten tulva-aikojen ulkopuolella.
Kaikki tarkkailussa mukana olleet vesistöt olivat reheviä tai osin reheviä, tummavetisiä ja humuspitoisia. Vesistöjen pH-taso vaihteli pääosin happaman ja lievästi happaman välillä. Lapuanjoen alajuoksulla havaitaan hyvinkin alhaisia pH-arvoja erityisesti syksyisin, mikä johtuu pääosin maankäytöstä ja -kuivatuksesta. Happamuuspiikit ovat kuitenkin tasoittuneet ja vähentyneet parin viime vuoden aikana. Happitilanne oli kaikissa vesistöissä suurimmaksi osaksi hyvä. E. coli -bakteerien ja suolistoperäisten enterokokkibakteerien määrä ei ylittänyt missään Sosiaali- ja terveysministeriön asetuksen 177/2008 mukaisia uimarannan toimenpiderajoja.
Kalataloustarkkailussa verkkokoekalastuksia tehtiin yhteensä kymmenessä järvessä 182 verkkoyön pyyntiponnistuksella. Suurimmat biomassayksikkösaaliit (paino grammoina/verkkoyö) saatiin Alavuden Saarijärvestä ja Putulanjärvestä. Pienimmät yksikkösaaliit (yksilöt/verkkoyö) saatiin Kauhajärvestä ja Kuhajärvestä. Särkikalojen biomassaosuus oli normaali kaikkialla muualla paitsi Putulanjärvessä, missä osuus oli tyydyttävällä tasolla. Petomaisten ahvenkalojen määrät olivat vähintään hyvällä tasolla kaikissa järvissä. Verkkokoekalastuksen tuloksissa on paljon vuosien välistä vaihtelua. Tämä voi johtua kalakannan muutoksista, mutta todennäköisemmin syynä on pyyntiolosuhteiden vaihtelu.
Sähkökoekalastuksessa koealoja oli yhteensä 40. Saalis oli pääosin vähäinen ja osalta aloista saalista ei saatu lainkaan. Virtavesien ekologisesta tilasta kertovista indikaattorilajeista, kuten taimenista, kivisimpuista ja kivennuoliaisista, havaittiin vain kivisimppuja ja niitäkin alle kymmeneltä koealalta. Yleisimmät lajit olivat ahven, hauki, kiiski ja särki.
