Samalla vesistöalueella sijaitsevien kuormittajien velvoitetarkkailut toteutetaan yhteistarkkailuna, joka koostuu kuormitus-, vesistö- ja kalastotarkkailusta. Yhteistarkkailua Perhon- ja Kälviänjoen vesistöalueella on tehty vuodesta 1981 lähtien. Tarkkailuun kuuluu neljä asumisjäteveden puhdistamoa, kaksi nahkatehtaan jätepuhdistamoa, rehutehtaan puhdistamo, kaksi louhosta ja rikastamo, sekä turvetuotantoalueita. Tarkkailun toteutti Eurofins Ahma Oy, piileväraportoinnista vastasi Ecomonitor Oy ja koordinoinnista vastasi Pohjanmaan vesi ja ympäristö ry.
Vuonna 2025 vesistönäytteitä otettiin yhteensä 18 pisteeltä neljästi vuoden aikana: maalis-, kesä-, elo- ja lokakuussa. Vuosi 2025 oli nk. välivuosi, jolloin tehtiin suppeampi vedenlaatukartoitus päällyskasvustojen kartoituksen yhteydessä, sekä tehtiin piilevätutkimus. Välivuosi toistuu joka viides vuosi. Puhdistamoilta otettiin näytteitä 4–9 kertaa vuodessa kuormittajasta riippuen.
Tarkkailuissa mukana olleiden puhdistamoiden vesistökuormitus Perhonjoessa oli fosforin osalta 0,07 tonnia, kokonaistypen 17,5 tonnia ja orgaanisen aineen 2,1 tonnia BOD7:na mitattuna. Kuormitus oli laskenut kaikilta osin vuoteen 2024 verrattuna. Perhonjoen kokonaisainevirtaama oli vuonna 2025 fosforin osalta 35 tonnia ja typen 645 tonnia, mikä oli vähemmän kuin vuonna 2024. Suurin osa vesistöalueen ravinnepäästöistä on peräisin maa- ja metsätalouden hajakuormituksesta.
Vesienhoidon 3. suunnittelukaudella yksikään Perhon- ja Kälviänjoen yhteistarkkailuun kuuluva vesistö ei saavuttanut erinomaista tilaluokkaa. Pahkajoen, Kiviojan, Ullavanjoen, Pajuojan, Korpijärven ja Penninkijoen ekologinen tila oli hyvä. Tilaluokaltaan tyydyttäviä olivat Patananjärvi, Perhonjoen yläosa, Tastulanoja, Köyhäjoki, Ullavanjärvi, Emmes-Storträsket, Jängänjärvi, Halsuanjärvi, Halsuanjoki ja Perhonjoen keskiosa. Välttäviä olivat Korpilahdenoja, Myllyoja, Patananjoen yläosa, Haapajärvi, Kainobäcken ja Perhonjoen alaosa, ja tilaltaan huonoja olivat Vähäjoki, Kälviänjoki, Såkabäcken ja Hömossadiket.
Piilevänäytteitä otettiin Perhonjoesta, Ullavanjoesta ja Korpilahdenojasta. Piilevälajisto ilmensi Perhonjoen yläjuoksulla välttävää/tyydyttävää ekologista tilaa, Kaustisen ja Alavetelin mittauspisteillä lajisto ilmensi enintään hyvää ekologista tilaa. Ullavanjoella lajisto viittasi vähintään erinomaisen tilan alarajaan, kun taas Korpilahdenojalla lajisto ilmensi välttävää ja tyydyttävää ekologista tilaa muun muassa happamuuden vuoksi.
