Kyrönjoen vesistöalueen kuormittajien velvoitetarkkailuja on tehty yhteistarkkailuna vuodesta 1978 lähtien. Yhteistarkkailu sisältää kuormitus-, vesistö- ja kalataloustarkkailun, ja siinä seurataan jätevesien laatua, määrää sekä vaikutuksia kalastukseen, kalastoon ja vesistöissä yleensä. Vuonna 2025 toteutettiin myös viiden vuoden välein tehtävä pohjaeläintarkkailu osana biologista tarkkailua.
Vuoden 2025 tarkkailuun kuuluu kahdeksan vesistöalueella toimivaa kunnallista jätevedenpuhdistamoa, Seinäjoen voimalaitos sekä kaksi turvetuotantoaluetta. Yhteistarkkailun näytteenotoista ja analytiikasta vastasi Seilab Oy, kuormituslaskennasta ja raportoinnista ARFY Finland Oy ja koordinoinnista Pohjanmaan vesi ja ympäristö ry.
Vuonna 2025 näytteenottopisteitä oli yhteensä 26 ja näytteitä kerättiin sekä kuormittajien ylä- että alapuolelta. Näytteitä kerättiin pääosin neljä kertaa vuodessa maalis-, kesä-, elo- ja lokakuussa. Näytepaikoista viisi sijaitsee järvissä (Kyrkösjärven tekojärvi, Jalasjärvi), neljä merenlahdella (Replotfjärden, Korshamnsfjärden-Storfjärden, Kyrönjoen edusta) ja loput 17 joissa.
Kyrönjoen vuotuinen kokonaisravinnevirtaama oli fosforin osalta 117 tonnia ja typen 3 109 tonnia. Suurin osa joen ravinnekuormituksesta on peräisin maa- ja metsätalouden hajakuormituksesta. Vemala-mallin arvion mukaan n. 61 % fosforikuormituksesta ja 57 % typpikuormituksesta on peräisin maataloudesta. Puhdistamoiden yhteenlaskettu fosforikuorma vuositasolla oli 3,7 % ja typen 7,4 % Kyrönjoen kokonaisravinnevirtaamasta. Kyrönjoen jätevedenpuhdistamoiden vesistökuormitus oli vuonna 2025 yhteensä noin 4 tonnia fosforia ja n. 231 tonnia typpeä. Puhdistamoille tuleva kuormitus on kasvanut 2000-luvulle asti, ja on sen jälkeen pysynyt melko tasaisena. Puhdistamoiden ravinnekuormitus on suurinta alimpien virtaamien aikaan, mutta tarkkailussa joillakin puhdistamoilla kuormitus oli merkittävää myös keskivirtaamien aikaan.
Tarkkailussa mukana olleet vesistöt olivat tummia ja humuspitoisia vaihdellen ravinteikkuudeltaan rehevästä erittäin reheviin. pH-taso vaihteli Kyrönjoen alaosassa ja Vassorin lahdella eniten, ja alhaisin pH-arvo (5,5) havaittiin Vassorin lahdella maaliskuussa. Vuonna 2024 pH oli alimmillaan 6,3. Kyrönjoen keski- ja alaosassa sijaitsee happamia sulfaattimaita, minkä vuoksi pH saattaa laskea hyvinkin alhaiseksi joen alaosassa. Varsinkin runsaat sateet ja tulvat voivat happamilla sulfaattimailla laskea pH:ta.
Ekologiselta tilaluokittelultaan ainoastaan Seinäjoen yläosa (latva) ylsi hyvään luokkaan. Replotfjärden, Korshamnsfjärden-Storfjärden, Kyrönjoen alempi osa ja Kyrkösjärven tekojärvi olivat luokiltaan tyydyttäviä ja Kyrönjoen edusta, sen ala-, keski- ja yläosa, sekä Seinäjoki ja Jalasjoki, olivat välttäviä. Kaikissa vesistöissä kemiallinen tila oli hyvää huonompi. Pohjaeläintarkkailun perusteella Nummijoen pohjaeläimistön ekologinen tila on kuitenkin kohentunut vuoden 2019 tarkkailuun verrattuna.
