Avustusten hakeminen
Rahastojen avustukset ovat jatkuvasti ja vapaamuotoisesti haettavissa. Hakemusten tulee olla kirjallisia ja hyvin perusteltuja. Rahoituskohteet ovat pääsääntöisesti yhteistyöhankkeita, joissa rahaston osuus on enintään puolet kokonaiskustannuksista.
Hakemuksesta tulee ilmetä hakija, hankkeen nimi, hankesuunnitelma perusteluineen, haettavan rahoituksen määrä, hankebudjetti ja hankkeen kokonaisrahoituksen muodostuminen. Rahoitussuunnitelmassa tulee näkyä omarahoituksen ja muilta haetun rahoituksen suuruus ja mahdollisesti jo saadut rahoituspäätökset. Jokirahastot ovat pääsääntöisesti tukeneet hankkeita, joilla on muutakin rahoitusta. Rahaston osuus on yleensä ollut korkeintaan 30 % hankkeen koko rahoituksesta. Rahoitusta voidaan hakea myös hankkeiden suunnitteluun ja tiedotukseen.
Rahoituspäätökset tekee rahaston johtoryhmä, jossa ovat edustettuina mm. jäsenkunnat, vesiensuojeluyhdistys ja Etelä-Pohjanmaan ELY-keskus. Rahasto toimii Pohjanmaan vesi ja ympäristö ry:n yhteydessä. Johtoryhmän päätöksessä on velvoite tuoda esiin hankkeen rahoittaja ja mahdollisesti siinä voi olla ehtoja. Myönnetty rahoitus maksetaan tositteita vastaan.