Pohjanmaan vesi ja ympäristö ry:ssä toimii neljä jokilaaksokohtaista rahastoa: Ähtävän-, Kyrön-, Lapuan- ja Perhonjokirahastot. Rahastot on perustettu edistämään, toteuttamaan ja osarahoittamaan jokineuvottelukuntien tavoitteiden mukaisia hankkeita.

Rahastoilla on omat jäsenkuntien ja muiden rahastojäsenten edustajista sekä vesi ja ympäristö ry:n ja Ely-keskuksen asiantuntijoista koostuvat johtoryhmänsä, jotka päättävät rahan käytöstä. Rahastojen avustuksia voi hakea erilaisiin hankkeisiin ympäri vuoden. Hakemusten tulee olla kirjallisia ja hyvin perusteltuja.

Rahoitettavien hankkeiden pitää hyödyttää laaja-alaisesti nimikkövesistöjensä valuma-alueita. Ne voivat olla myös mallihankkeita, joiden tulokset ovat sovellettavissa muuallakin. Rahoituskohteet ovat yhteistyöhankkeita, joissa rahastojen osuus on osa kokonaiskustannuksista.