Lapuanjoki on järvineen, koskineen, suvantoineen ja sivuhaaroineen monen eliölajin elinympäristö. Yläjuoksulla kosket ja pikkujärvet tarjoavat mainioita kalastuspaikkoja harrastajille. Kuortaneenjärvi on vesistön keskusjärvenä merkittävä alueen asukkaille, virkistyskäytölle ja maisemalle. Lapuanjoen keskiosan suvantoalue peltolakeuksineen on pohjalaismaisemaa aidoimmillaan ja alajuoksun vaihtelevampi maasto tuo taas oman lisänsä joen monimuotoisuuteen.

Lapuanjoen vesistöalueella toimivat viranomaiset, vesistön käyttäjät, yrittäjät ja järjestöt ovat koonneet voimansa yhteen perustamalla Lapuanjoen vesistöalueen neuvottelukunnan vuonna 1999. Lisäksi alueen kunnat ovat perustaneet Lapuanjokirahaston, jonka toiminta käynnistyi vuonna 2004. Rahaston vuosikertymä on 14 000 €.

Lapuanjokirahaston tarkoituksena on edistää Lapuanjoen neuvottelukunnan tavoitteita tukemalla eri toimijoiden välistä yhteistyötä, tehostamalla vesiensuojelua ja luomalla edellytyksiä vetovoimaisen virkistyskäyttö-, kalastus- ja matkailukokonaisuuden kehittymiselle. Tarkoituksensa toteuttamiseksi rahasto käynnistää koko vesistöaluetta hyödyttäviä, yhteistyötä edistäviä hankkeita tai koko alueella sovellettavia mallihankkeita.

Lapuanjokirahaston avustukset ovat jatkuvasti ja vapaamuotoisesti haettavissa. Hakemusten tulee olla kirjallisia ja hyvin perusteltuja. Rahoituskohteet ovat pääsääntöisesti yhteistyöhankkeita, joissa rahaston osuus on korkeintaan 30 – 50 % kokonaiskustannuksista. Rahoituspäätökset tekee rahaston johtoryhmä, jossa ovat edustettuina jäsenkunnat, vesiensuojeluyhdistys ja Etelä-Pohjanmaan ELY-keskus. Rahasto toimii Pohjanmaan vesi ja ympäristö r.y.:n yhteydessä.

Lapuanjokirahaston osarahoittamia hankkeita:

• 2024, Lapuanjokivarren vieraslajien torjunnan edistäminen (3 000 €)
• 2024, Saaristo-HELMI -hanke (1 500 €)
• 2024, Virtaamakehittimen hankinta, Edesjärvien kalastusseura ry (1 295 €)
• 2024, Kosteikon suunnittelu ja toteutus, Hirvirinki ry (1 500 €)
• 2023, Uudenkaarlepyyn Hiekkatien kosteikon suunnittelu (5 000 €)
• 2023, Lapuanjokivarren vieraslajien torjunnan edistäminen (3 000 €)
• 2023, Rantatöysän Verkkolahden niitto (2 000 €)
• 2023, Alavuden Hirvilammen kunnostus (5 000 €)
• 2022, Vetämäjärven kunnostus, vesikasvillisuuden poisto (5 000 €)
• 2022, Lapuanjokivarren vieraslajien torjunnan edistäminen (7 000 €)
• 2021, Hirvijärven kunnostus (2 500 €)
• 2020, Menkijärven kunnostus, niitot (5 000 €) 
• 2018-2019, Pieni Kaksipuoloisen järven kunnostus (9 000 €) 
• 2018-2019, Vieraslajien kartoitus: EPOELY (15 000 €) 
• 2018, Lapuan Erkinmontun puhdistus (5 000 €)
• 2018, Housunjärven kunnostus, kyläyhdistys (10 000 €) 
• 2015-2017, Harjoittelijan työparin palkkaus, yhteinen KJR, metsätalous ja pengerrysalueet (20 000 €) 
• 2015, Kalastustiedestely Uudenkaarlepyyn edustalla (2 500 €) 
• 2015, Tehostettu tulviin varautuminen (15 000 €) 
• 2015, Saarijärven kunnostushanke, vaihe 2 (2 000 €) 
• 2013, Saarijärven kunnostushanke/järvitominki (3 000 €) 
• 2013, Lapuanjoen ekologisen tilan parantamishanke- jatkohanke (5 800 €) 
• 2012-2013, Turvetuotannon vesiensuojelu harjoittelija (10 000 €) 
• 2012, BEFCAS-hanke (6 000 €) 
• 2011, Kortesojan luonnonhoitohanke, Lapua (6 000 €) 
• 2011, POHJAVESI Life (12 000 €) 
• 2010, Lapuanjoki-soutu (500 €) 
• 2010, Ekologisen tilan parantamismahdollisuus EAKR (20 000 €) 
• 2010, Pääjärven kunnostus (3 000 €) 
• 2010, Harjoittelija-avustus, yheteinen KJR (3 500 €)