Lestijoen vesistöalueella toimivien kuormittajien velvoitetarkkailut toteutetaan yhteistarkkailuna. Yhteistarkkailussa seurataan jätevesien laatua ja määrää (kuormitustarkkailu) ja vaikutuksia vesistöön (vesistötarkkailu). Lisäksi siihen kuuluu viiden vuoden välein tehtävä biologinen tarkkailu ja viiden vuoden välein tehtävä kalataloustarkkailu. Kalataloustarkkailuun kuuluva sähkökoekalastus tehdään kolmen vuoden välein. Yhteistarkkailuun osallistui vuonna 2025 neljä kunnallista jätevedenpuhdistamoa, kolme teollisuuslaitosta ja kaksi turvetuotantoaluetta. Näytteidenotosta ja raportista vastasi KVVY Tutkimus Oy ja koordinoinnista vastasi Pohjanmaan vesi ja ympäristö ry.
Vesistötarkkailuun liittyen näytteitä otettiin yhteensä 24 pisteestä, minkä lisäksi hyödynnettiin kahdelta ympäristöhallinnon havaintopisteeltä saatuja tietoja. Näytteet otettiin maaliskuussa, kesäkuussa, heinäkuussa ja elokuussa
Lestijoen vuoden 2025 typpikuorma oli 429 tonnia ja fosforikuorma 23 tonnia. Tämä on hieman vähemmän kuin vuosina 2014–2024, jolloin kuorma oli keskimäärin 528 tonnia typpeä ja 27 tonnia fosforia. Suurin osa tästä ravinnekuormasta on peräisin metsä- ja maatalouden hajakuormituksesta. Jätevedenpuhdistamoilta Lestijokeen päätyvä kuormitus oli vuositasolla typen osalta n. 2 % ja fosforin 1,4 % Lestijoen kokonaisainevirtaamasta.
Jätevedenpuhdistamoille tuleva kuormitus nousi hieman Kannuksen puhdistamolla vuodesta 2024, mutta laski kaikilta osin Himangan, Toholammen kirkonkylän ja Toholammen Sykäräisen jätevedenpuhdistamoilla. Myös lähtevä kuormitus (vesistökuormitus) laski näiden puhdistamojen osalta kaikilta osin. Kannuksen puhdistamolla typpikuormitus pysyi edelliseen vuoteen verrattuna samana, fosfori ja BOD7 kasvoivat. Puhdistamoiden vesistökuormitus oli vuonna 2025 yhteensä 0,59 tonnia fosforia, 15,4 tonnia typpeä ja 8,1 tonnia orgaanista ainetta (BOD7). Yhdyskuntajätevesiasetuksen ehdot täyttyivät kaikilla puhdistamoilla.
Lestijoen tila on luokiteltu hyväksi ja osin jopa erinomaiseksi vesienhoidon toimenpideohjelmassa 2022–2027. Uudet tila-arviot valmistuvat vuoden 2026 aikana. Kemiallinen tila on kuitenkin kaikissa alueen vesissä hyvää huonompi PBDE-aineiden vuoksi. Kalojen elohopeapitoisuudet ovat silmällä pidettävän korkeita Lestijärvellä, ja ylittävät ympäristölaatunormin Kirkkojärvellä, Lehtostenjärvellä ja Lestijoen alaosassa. Kalojen elohopeapitoisuutta nostaa vesistöjen humuspitoisuus ja valuma-alueiden turvevaltaisuus. Suolistoperäisten enterokokkien määrä ylitti sosiaali- ja terveysministeriön asetuksen mukaisen toimenpiderajan Kopsalan uimarannalla 24.6.2025. Muuten bakteerien määrä pysyi alhaisena ja vedenlaatu sen suhteen hyvänä.
