Perhon- ja Kälviänjokien vesistöalueen velvoitetarkkailuja on tehty yhteistarkkailuna vuodesta 1981 lähtien. Yhteistarkkailu käsittää neljä asumisjäteveden puhdistamoa, kaksi nahkatehtaan jätevedenpuhdistamoa, yhden rehutehtaan jätevedenpuhdistamon ja vuodesta 2023 lähtien vesistöalueella toimivan Keliber Technology Oy:n kaivokset. Perhonjoen yhteistarkkailussa on mukana myös Neova Oy:n, Alholmens Kraft Oy:n sekä yksityisten turvetuottajien turvesoita. Vesinäytteitä tarkkailua varten otettiin yhteensä 18 havaintopaikalta kerran maalis-, kesä-, elo- ja lokakuussa vuonna 2024. Tarkkailun toteutti Eurofins Ahma Oy ja koordinoinnista vastasi Pohjanmaan vesi ja ympäristö ry.
Perhon- ja Kälviänjoen vesistöalueen vuotuinen ravinnekuormitus oli yhteensä noin 70,5 tonnia fosforia ja 1320 tonnia typpeä. Arvot nousivat vuoteen 2023 verrattuna, jolloin vuotuinen fosforikuormitus oli 68 tonnia ja typpikuormitus 1267 tonnia. Suurin osa vesistöalueen ravinnepäästöistä oli peräisin maa- ja metsätaloudesta.
Maatalouden osuus fosforikuormituksesta vesistöalueella on arviolta 52 % ja typen 39 %. Metsien arvioitu luonnonhuuhtouman osuus fosforikuormituksesta on noin 20 % ja typpikuormituksesta noin 37 %. Tarkkailussa mukana olleiden jätevedenpuhdistamoiden fosforikuormitus oli 0,11 tonnia (0,16 % kokonaiskuormituksesta), typpikuormitus 20 tonnia (1,5 %) ja orgaanisen kiintoaineen määrä 4,2 tonnia, eli enemmän kuin vuonna 2023. Turvetuotantoalueiden kokonaisfosforipäästöt olivat 0,32 tonnia (0,45 % kokonaiskuormituksesta), kokonaistypen 12 tonnia (0,9 %) ja kiintoaineen määrä 47 tonnia. Turvetuotantoalueiden kokonaispäästöt olivat pienempiä kuin vuonna 2023.
Tarkkailluista vesistöistä ekologiselta tilaluokaltaan huonoja oli 15,4 %, välttäviä 23,1 %, tyydyttäviä 38,4 % ja hyviä 23,1 %. Esimerkiksi Såkabäcken oli ekologiselta tilaltaan huonossa kunnossa happamuuden ja siihen liittyvän metallikuormituksen vuoksi. Välttävässä tilassa oli muun muassa Korpilahdenoja, jonka vedenlaatua heikensi happamuus, korkea ravinnepitoisuus ja sameus. Ullavanjärvi oli ekologiselta tilaltaan tyydyttävä. Järven vesi oli lievästi hapanta, sekä humus- ja rautapitoista, ja ravinteisuuden perusteella järven voi luokitella reheväksi. Hyvään tilaan pääsi esimerkiksi Ullavanjoki.
Keliberin Syväjärven ja Rapasaaren kaivosten tarkkailussa vesi oli runsashumuksista, ruskeaa, sameaa, rehevää, erittäin rautapitoista sekä suurimmaksi osaksi hapanta tai lievästi hapanta. Rapasaaressa vesi oli kesä-elokuussa lievästi emäksistä tai lähes neutraalia. Rapasaaressa vedessä oli myös runsaasti alumiinia.
Perhonjoen vesistöalueen vesi oli vuonna 2024 keskimäärin lievästi hapanta, tummaa, runsashumuksista sekä ravinteikasta. Kälviänjoella, Korpilahdenojalla sekä Perhonjoen alajuoksulla ja siihen laskevilla sivujoilla suurimmaksi ongelmaksi nousee kuitenkin happamuus ja siihen liittyvä metallikuormitus. Muuten vesistöissä mitatut pH-arvot ovat ilmentäneet erinomaista tilaa. Vesistöjen hygieeninen laatu oli pääosin hyvä, mutta paikoitellen heikentynyt korkeiden E. coli ja enterokokkibakteerien pitoisuuksien vuoksi.
