Vattendragen belastas av jord- och skogsbruk, glesbebyggelse, torvtäkt samt avloppsvatten från samhällen och industrier. I Perho å har det på vissa ställen byggts stora översvämningsskydd och i Nedervetil finns Kaitfors kraftverk. De konstgjorda sjöarna i det övre loppet har anlagts i samband med översvämningsskyddet. De fungerar närmast som vattenmagasin för vattenkraften och översvämningsskyddet. Under de senaste åren har Perho ås nedre lopp restaurerats. Målet är att återinföra av såväl nejonöga som lax i ån.
Kommunerna, vattenanvändarna, företagen och olika intresseorganisationer i tillrinningsområdet grundade delegationen för Perho å år 1996. Fonden för Perho å startade år 2008. Den grundades av kommunerna och de årliga inkomna medlen är ca. 13 000 €.
Fondens mål är att förbättra vattenskyddet i samband med olika aktiviteter i tillrinningsområdet samt att befrämja fiske, rekreation och turism. Fonden initierar och stöder olika projekt enligt målsättningen för delegationen för Perho å. Projekten skall gagna hela vattendragsområdet och befrämja samarbetet mellan olika aktörer. Det kan även vara fråga om modellprojekt för vattenvård som kan tillämpas i hela området.
Ansökningen av medel ur Fonden för Perho å kan ske när som helst under året. Den fritt formulerade skriftliga ansökan bör grundligt motiveras. Finansieringsobjekt, som kommer i fråga är främst samarbetsprojekt, där fonden står för högst hälften av kostnaderna. Fondens ledningsgrupp beslutar om finansieringen. Ledningsgruppen består av medlemmar från medelmskommunerna, vattenskyddsföreningen och Närings-, trafik- och miljöcentralen i Södra Österbotten. Fonden verkar inom Österbottens vatten och miljö r.f.
Tidigare projekt som fonden delfinansierat:
- 2010, Kaustisen kalastusmahdollisuudet tutuiksi (1353,00 €)
- 2011, Perhenjoen alaosan happamuushanke (15000,00 €)
- 2012, Ylikylän kyläyhdistys, Penninkijoki (5400,00 €)
- 2012-2015, Harjoittelijat turvetuotannon vesiensuojelu kartoitus (14650,00 €)
- 2015, Räyringin kalastuskunnan hakemus (2000,00 €)
- 2015, Nedervetil fiskargille rf. (800,00 €)
- 2015-2016, Paha-hankkeen jatko ja vedenlaatuseuranta (6000,00 €)
- 2017, Räyringinjärven kunnostuksen lisätyöt (5000,00 €)
- 2017, Perhonjoen alaosan kalastuksen hautomo (7000,00 €)
- 2017, Perhonjokilaakson kuvataideyhdistys ry. (600,00 €)
- 2018, Perhonjoen pienvesien happamuuden ympäristö karttoitus (6000,00 €)
- 2018-2019, Jängänjärven kunnostus, Perho (12500,00 €)
- 2019, Avustushakemus Tekojärvi-Suomi kirjaan (1000,00 €)
- 2019, VETO-hanke, PVY ry. (2000,00 €)
- 2021, Happamien sulfaattimaiden vaikutus vesieliöihin (5000,00 €)